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#Gaussian Output File 이전 포스팅에서 Job script와 output 파일에서 정보를 얻어오는 방법에 대해서 알아보았습니다. 이를 이용해서 Formaldehyde의 Single point Energy Calculation을 진행하고 output 파일에서 얻을 수 있는 정보에 대해서 알아보겠습니다. - Ground State Energy 먼저, Formaldehyde의 바닥 상태 에너지를 알아봅시다. log 파일에서 SCF Done 키워드를 이용해서 특정 분자의 바닥상태 에너지를 얻을 수 있습니다. SCF Done: E(RB3LYP) = -114.495058176 A.U. after 11 cycles NFock= 11 Conv=0.66D-08 -V/T= 2.0094 cs 이때, 에너지의..

#Job Script 이전 포스팅에서 Gaussian Input 파일에 대해서 알아보았습니다. Input 파일을 이용해서 계산을 돌릴 때 많은 곳에서 서버를 이용하는데, PBS(Portable Batch System) 스케줄러를 사용합니다. 작업 스케줄러를 사용하기 위해서 PBS 작업 스크립트를 작성해야 하는데, 다음과 같은 예시를 보면서 알아봅시다. #!/bin/bash #PBS -N Formaldehyde Single Point Energy Calculation #PBS -l nodes=cnode:ppn=16 #PBS -l walltime=1000:00:00 module purge export INPUT=Formaldehyde.com ## Determine GAUSS_SCRDIR. NODES=$(ca..

# Introduction Single Point Energy Calculation은 특정 기하학적 구조를 가진 분자의 에너지 및 관련 성질을 예측하는 것입니다. 이러한 계산은 분자의 PES(Potential Energy Surface)에서 하나의 고정된 지점(Single Point)에서 수행되기 때문에 계산 과정 중에 분자의 구조하 변하지 않는다는 것을 의미합니다. 즉, 유효한 결과를 얻기 위해서 분자에 대한 합리적인 구조가 필수적입니다. Single Point Energy Calculation은 다음과 같은 목적으로 수행됩니다. - 분자의 기초적인 정보를 얻기 위해서 - 최적화의 시작점으로 사용하기 위해 분자 구조를 확인해보기 위해서 - 낮은 Level of Theory(정확도가 낮은 이론적 방법)에..

#Chemical Representation Progression 계산 연구에 사용할 이론적 방법과 기저 계를 선택하는 것은 항상 "원하는 정확도와 사용가능한 계산 자원 사이의 효과적인 절충"을 찾는 것이 중요합니다. 정확도가 높은 방법들은 많은 계산 자원을 요구해서 너무 큰 분자 시스템을 연구하기 힘듭니다. 이러한 점을 착안해서 1990년 후반부터 Morokuma와 동료들은 서로 다른 수준의 정확도로 다룰 수 있는 큰 분자들을 계산 층(Computing Layer)로 분리하는 접근법을 개발했는데, 이는 ONIOM(Our own N-layered Integrated molecular Orbital and molecular Mechanics)입니다. ONIOM 계산에서 분자 시스템을 2~3개의 층(Laye..

#What is Electronic Structure Theory? 계산 화학(Computational Chemistry)은 화학의 연구에서 "계산(computing)"의 사용을 포괄하는 일반적인 용어입니다. 계산 화학 기법을 통해 실험과 비교하기 위해 분자 특성을 예측할 수 있고, 모호하거나 그 밖의 불분명한 실험 데이터를 해명하고, 직접 관측할 수 없는 불안정한 중간체(intermediate) 및 전이 상태(transition states)를 모델링할 수 있습니다. 양자화학(Quantum Chemistry)은 양자역학의 기본 법칙, 그중 슈뢰딩거 방정식에서 전체 또는 부분적으로 파생된 방법을 가리키는 용어입니다. 양자화학은 개념적으로 두 가지의 넓은 영역으로 나눌 수 있습니다. 먼저, 분자 내의 핵들..